lunes, 26 de mayo de 2014

Bioinformática: ¿Por donde empezar ?



Los cursos de Bioinformática y en español son escasos en la WEB, sin embargo las clases de Marco Regalia, docente de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas de Bogotá, Colombia son un muy buen aporte. 


Explicaciones desestructuradas y amenas, desde la intimidad del aula de clase !



 
" Computational Molecular Biology " es un excelente curso online (en inglés y con videos acompañados de una cantidad abrumadora de diapositivas)  dictado por los Dres. Doug Brutlag, Rhiju Das, Gavin Sherlock, Mike Snyder y Peter Karp de la Universidad de Stanford, California, EEUU.




Humildemente agrego también una serie de videos experimentales (en realidad, "minivideos") que intentan dar una explicación muy básica de como utilizar herramientas bioinformáticas comenzando desde el buscador Google. 
Los videos por ahora carecen de sonido o explicaciones detalladas y fueron pensados como guías visuales.


 

sábado, 12 de abril de 2014

Un Sitio Increíble: Learn.Genetics 
(Genetic Science Learning Center de la Universidad de Utah)

Learn.Genetics es un sitio donde se pueden encontrar infinidad de recursos sobre Genética, Biología Celular, Ciencias de las Salud y Ecología. 

Podemos disfrutar de animaciones (incluyendo "laboratorios virtuales") y explicaciones claras (en formato .pdf,  para descargar).
Si bien es un sitio en inglés, también existe una versión en español (un poco menos desarrollada).


domingo, 6 de abril de 2014

Malaria
Animación basada en el sitio DPDx del CDC

DPDx es un sitio web creado y mantenido por la División de Enfermedades Parasitarias y Malaria (DPDM) del CDC. DPDx utiliza Internet para fortalecer el diagnóstico de las enfermedades parasitarias, tanto en Estados Unidos como en el extranjero. Compartimos una animación experimental basada la página de malaria de DPDx.


Malaria - Paludismo. Ciclo de Vida 

viernes, 4 de abril de 2014

BioVisions 
o Animación de Procesos Biológicos de Alta Calidad

La idea detrás de BioVisions es combinar el desarrollo multimedia de alta calidad con los modelos científicos más rigurosos. Las animaciones "La Vida Interior de la Célula" (“The Inner Life of the Cell”)  y "Alimentación Energética de la Célula: Las mitocondrias" (“Powering the Cell: Mitochondria”) permiten adentrarnos dentro del mundo celular y su maravillosa maquinaria bioquímica. El Dr. Robert A. Lue, fundó BioVisions con el apoyo del Instituto Médico Howard Hughes y la Universidad de Harvard y es su actual director (1). 
Una buena herramienta para la enseñanza de los procesos biológicos ! Visitar BioVisions!

1- “Where Cinema and Biology Meet”. Nota de Erik Olsen del 15/11/2010 , The New York Times.Contiene el video “The Animators of Life”  con la entrevista al Dr. Robert A. Lue. Ver !


“The Inner Life of the Cell”

“Powering the Cell: Mitochondria”  

miércoles, 2 de abril de 2014

Cine y Ciencia


Cuando pensamos en películas relacionadas con la ciencia inmediatamente nos damos cuenta que podríamos agrupar a la mayoría en unas pocas categorías "taxonómicas":

Divulgativas: en un principio relacionadas a la prevención de enfermedades y dirigidas al publico general ("The life cycle of the malaria parasite" (1951)). Un ejemplo singular son las dirigidas a las tropas en la época de los grandes conflictos bélicos como "Private Snafu vs. Malaria Mike "(1944) y la película "The Winged Scourge" (1943) desarrollada por Walt Disney, también sobre la malaria.

Utopías Negativas: en donde, generalmente, el desarrollo científico culmina con una sociedad autoritaria, con el control absoluto de la vida de cada ciudadano  ("Metropolis" (1927), "Alphaville: A Strange Adventure of Lemmy Caution" (1965), "Fahrenheit 451" (1966),"Planet of the Apes" (1968), "A Clockwork Orange" (1971),"Logan's Run" (1976), "Blade Runner" (1982), "The Terminator" (1984), "1984" (1984)  "Brazil" (1985), "Gattaca" (1997), "Minority Report" (2002) . Quizás también dentro de esta categoría podríamos incluir a "Star Wars" (1977).

Biografías de científicos: biografías, a veces un poco acartonadas, sobre cientificos ilustres como por ejemplo: "The Story of Louis Pasteur" (1936),"Young Tom Edison" (1940),  "Madame Curie" (1943)  y la más reciente "Casas de Fuego" (1995) sobre la vida del Dr. Salvador Mazza. Quizás el film propagandístico alemán "Germanin" (1943) debería incluirse aquí.

En la mayoría de la películas citadas aparece dos clichés hollywoodenses: los científicos locos, totalmente desquiciados, ajenos e insensibles a las consecuencias que podrían tener sus experimentos ("The Cabinet of Dr. Caligari" (1920) , "Frankenstein" (1931), "Dr. No" (1962),  
 "Dr. Strangelove or: How I Learned to Stop Worrying and Love the Bomb (1964), "Austin Powers: International Man of Mystery" (1997) y otros, quizás la mayoría, de investigadores enfrascados en el dilema ético que surge de sus investigaciones pero que, mayormente enceguecidos por el afán de gloria, siguen adelante y terminan con su capacidad de juicio alterada ( "Dr. Jekyll and Mr. Hyde" (1941), "The Fly" (1958)"X: The Man with the X-ray Eyes" (1963),"The Nutty Professor" (1963), "Spider-Man" (2002) , "Spider-Man 2" (2004).

Ejemplos de compromiso social aparecen en dos películas muy distintas: en  "The Time Machine" (1960) en donde un científico renuncia a vivir en su época y se traslada al año 802.701 con la esperanza de reconstruir la civilización y en "Inherit the Wind"  Heredarás el viento (1960) donde se reproduce el juicio a John Scopes por enseñar la teoría de evolución en una escuela secundaria en 1925 (Ver Juicio de Scopes - Art. Wikipedia).


Finalmente a todos aquellos que les interese el cine y la medicina pueden descargar los numeros gratis de la revista "Medicina y Cine",   una publicación de la Universidad de Salamanca, que tiene servicio de suscripción gratuita.

Visitar "Revista Medicina y Cine" !

Número de la "Revista Medicina y Cine" "The Story of Louis Pasteur"!


"La Tragedia de Louis Pasteur" ("The Story of Louis Pasteur") 1936 - Subtitulada

The Winged Scourge -1943. Disney y la Malaria

martes, 1 de abril de 2014

Plantillas de Regalo para las
Placas de 96 pocillos

¿Puede una simple placa de 96 pocillos generar dudas existenciales? ¿Era el pocillo A5 ó el A6?
Festejamos el otoño 2014 compartiendo 4 modelos de plantillas, de libre descarga, que sirven como orientador y permiten identificar los distintos pocillos rápidamente. Solamente es necesario imprimirlas sobre una filmina transparente y colocarlas debajo de una placa. Sugerimos hacer una impresión previa en papel para controlar que la orientación sea correcta. 

domingo, 30 de marzo de 2014

Ciclo de Vida de Leishmania:
Dos Animaciones Estupendas !


En el mismo estilo en que fue realizado el "Atlas Didático Ciclo de Vida do Trypanosoma cruzi"  (alta calidad y explicaciones claras !) ahora también podemos disfrutar de dos animaciones sobre el "Ciclo de Vida de Leishmania" realizadas por Dirceu Esdras Teixeira, Marlene Benchimol, Wanderley de Souza y Paul Crepaldi en el Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Biologia Estrutural e Bioimagem - INBEB, Brasil.
Visitar INBEB !

Ciclo de vida da Leishmania no homem


Ciclo de vida da Leishmania no inseto vetor



El trabajo fue publicado en la revista
PLOS Pathogens y puede descargarse aquí !
Lanzamiento del Libro  "Atlas Didático: Ciclo de Vida do Trypanosoma cruzi"
(en portugués)

El libro fue realizado por los Dres.  Dirceu E. Teixeira, Marlene Benchimol, Paulo Henrique Crepaldi y Wanderley de Souza y ahora puede descargarse gratis de la WEB!
El ciclo de vida de estos protozoos se presenta en diferentes niveles de educación, desde la fundamental para las escuelas de posgrado. El objetivo de este trabajo fue desarrollar materiales didácticos en la versión gráfica y vídeos, usando animaciones (3D) en tres dimensiones, para visualizar la morfología, procesos dinámicos y el ciclo de vida del parásito Trypanosoma cruzi. (Fuente:Sociedad Brasilera de Protozoología)

Link de descarga desde Sociedad Brasilera de Protozoología !

viernes, 7 de febrero de 2014

CienciaNet
Divulgación Científica en Argentina!

Desde este sitio solemos recomendar otros blogs, normalmente a través de un simple "link". La construcción misma del blog tiene un tanto de  "chalecito edificado con ladrillos de Nabucodonosor”, como supo decir Alejandro Dolina (1), y quizás hasta un poco más recurrente:  "chalecito edificado con ladrillos hechos con ladrillos de Nabucodonosor". Una edificación natural a gran parte de la Internet misma!

Tomando distancia de estas disquisiciones, recomendamos visitar el sitio CienciaNet: una original forma de difundir las actividades científicas en la Argentina y de promover la participación abierta de la comunidad.

El artículo "Una reconstrucción matemáticamente asistida del foco inicial de la epidemia de fiebre amarilla en Buenos Aires (1871)" de Hernán Solari (del departamento de Física, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, UBA) es muy interesante ya que permite ver como a partir del análisis de registros históricos de datos pueden cuestionarse algunas ideas sobre la epidemia, luego de 143 años ! (El autor refiere particularmente a  la relación entre la epidemias  de Buenos Aires, Asunción y Corrientes y también sobre la veracidad del relato histórico del despoblamiento).

1- "Un chalecito con Ladrillos de Nabucodonosor. Nota de Juan Sasturain. Página 12,  Jueves 14 de enero de 2010. Ver! 


martes, 4 de febrero de 2014

"Cazadores de Microbios" 
de Paul de Kruif


    El microbiólogo y escritor estadounidense Paul Henry de Kruif (1890-1971) publicó "Cazadores de Microbios" en 1926, desde entonces el libro ha ayudado a despertar la vocación científica de miles de jóvenes (1).


   En él se relata la vida de algunos de los bacteriólogos (y proto-bacteriólogos como Anton van Leeuwenhoek) más descollantes. Algunas de las historias pueden parecer anacrónicas, ya que los personajes son bosquejados con rasgos estereotipados. A pesar de los matices "fuera de época" constituye un buen libro de divulgación y una base para conocer el trabajo de aquellos pioneros (2,3). 
                  El autor nos introduce, de una forma sencilla, en el uso del método científico y el diseño experimental, y también en la apreciación de la enorme influencia social que tuvieron los descubrimientos que se describen.

Sin embargo el libro de divulgación de de Kruif causó gran malestar en Ronald Ross. Ross había ganado el Premio Nobel en 1902 por demostrar que los mosquitos Anopheles transmiten  la malaria  y por descubrir el ciclo vital del parásito.
          Ross consideró que la descripción publicada en "Cazadores de Microbios " de su enfrentamiento con el parasitólogo italiano Giovanni Battista Grassi era difamatoria y por medio de una acción legal obligó al editor de la edición británica a eliminar el capítulo sobre él y otro sobre su compatriota David Bruce (4).  


Tapas de las Distintas Ediciones de "Cazadores de Microbios" ( "Microbe Hunters")
Bibliografía consultada

1- "Paul de Kruif". Artículo de Wikipedia. Ver!
2-"Microbe Hunters Revisited – Paul de Kruif and the Beginning of Popular Science Writing". Stephen Greenberg. Houston History of Medicine Lectures, 2012. Ver!
3-  "Microbe Hunters revisited". William C. Summers. Internatl Microbiol (1998) 1: 65-68
.
Ver! 
4- "Paul de Kruif's Microbe Hunters and an outraged Ronald Ross"
Eli Chernin.  Rev Infect Dis. 1988 May-Jun;10(3):661-7.


Títulos de los capítulos de "Cazadores de Microbios" Paul de Kruif

Capitulo I: Anthony Leeuwenhoek: El Primer Cazador de Microbios
Capitulo II: Lazzaro Spallanzani: Los Microbios Nacen de Microbios
Capitulo III: Louis Pasteur: ¡Los Microbios Son una Amenaza!
Capitulo IV: Roberto Koch: El Paladín Contra la Muerte
Capitulo V: Louis Pasteur: Pasteur y el Perro Rabioso
Capitulo VI: Roux y Bering: Masacre de Conejillos de Indias
Capitulo VII: Elias Metchnikoff: Los Solícitos Fagocitos
Capitulo VIII: Theobald Smith
Capitulo IX: David Bruce
Capitulo X: Ross Contra Grassi: El Paludismo
Capitulo XI: Walter Reed: En Interés de la Ciencia y por la Humanidad
Capitulo XII: Pablo Ehrlich: La Bala Mágica

miércoles, 29 de enero de 2014

Del cuaderno de un biólogo...

De parásitos, túneles y mineros.

Joseph Mallord William Turner
El Paso de San Gotardo es un paso de montaña que conecta los cantones  de Uri y Ticino en Suiza.
Durante siglos, atravesar el peligroso río Reuss, en la Garganta de Schöllenen, podría ser una de las experiencias que uno desearía evitar. Para facilitar el paso de los viajeros, fue construido un puente de piedra, “El Puente del Diablo”, en el siglo XVI (1). 
A pesar que “El Paso” agitó la imaginación romántica del pintor Joseph Mallord William Turner (2) y su visión de la insignificancia humana frente a la naturaleza, el espíritu de la época se impuso. La nueva divinidad, la máquina, extendió su dominio, devorando a su paso todo el carbón y el hierro disponible y, junto con ellos, a miles de seres humanos (3).
Las redes ferroviarias crecieron por toda Europa y fue necesario construir un túnel en El Paso de San Gotardo, Suiza, para conectar el sur de Alemania y el norte de Italia. Para ello unos 25000 trabajadores migrantes, provenientes en su mayoría del Veneto y del Piamonte, participaron en las obras entre 1871 y 1881.
Los datos oficiales nos indican que unos 200 trabajadores perdieron la vida en las tareas de construcción del túnel, sin embargo el número de muertes causadas por una misteriosa enfermedad, conocida como “anemia de los mineros”, es incierto. Se estima que dicha enfermedad afectó a unos 10000 trabajadores (4).
La salud se deterioraba a tal punto que era imposible realizar cualquier tarea, razón por la cual los  trabajadores migrantes debían volver a sus hogares pobres. Otros, con menos suerte, fallecían. 
En febrero de 1880 un minero murió de anemia perniciosa en el Hospital de Turín y durante la necropsia se descubrieron más de 1500 parásitos en su duodeno y yeyuno. A partir de allí comenzaron las investigaciones de Edoardo Bellarmino Perroncito, profesor de parasitología de la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad de Turín, que condujeron a vincular la anemia con la presencia de los parásitos. Perroncito y Luigi Concato (director de la Clínica Médica General de la misma universidad) reportaron a la Academia de Medicina de Turín y a la Academia de Ciencias de Paris, otros casos de trabajadores con anemia en cuyas heces se hallaban huevos del parásito Ancylostoma duodenale (5).
Ancylostoma duodenale había sido descubierto por otro italiano, el médico Angelo Dubini, durante la autopsia de una mujer campesina que murió de neumonía en 1838 (6).
Sin embargo se suscito una fuerte controversia en relación a si los parásitos eran realmente los causantes de la anemia. En la época había un amplio desconocimiento sobre el ciclo biológico, la embriología, el desarrollo y las formas de contagio del parásito, por lo que se postulaba como hipótesis alternativa, que la enfermedad era causada por los gases que los mineros respiraban en las profundidades (4). 

Los estudios de Perroncito permitieron establecer el ciclo de vida del parásito, su transmisión a partir de los huevos depositados en las heces de los afectados y usar un tratamiento eficaz utilizando extractos etéreos de helecho macho. 

La anemia es provocada por la unión de los órganos cortantes de los anquilostomas a la mucosa y submucosa intestinal y la posterior ruptura de los capilares intestinales y arteriolas. El parásito secreta el factor Xa e inhibidores de VIIa/TF y agentes anti-plaquetarios que ayudan a mantener la pérdida continua de sangre en el sitio de unión y que la misma fluya a través de su tubo digestivo (7).

El análisis del ciclo de vida del parásito permite echar más luz sobre la epidemia del Túnel de San Gotardo.

Los Ancylostomas pertenecen al filo nematoda (del griego nema: hilo y oidos: con aspecto de). La palabra Ancylostoma fue acuñada por Dubini y significa: “boca curvada”.
Los términos utilizados en inglés (hookworms) y en español (uncinarias) significan “gusanos en forma de gancho” o “nariz de gancho”, respectivamente.
Son gusanos redondos, con un tamaño no mayor a 2 cm de largo y de sexos separados. Tienen una boca provista de dientes cortantes.
Los gusanos se reproducen en el intestino y las hembras producen entre 20000 a 30000 huevos cada 24 horas que son expulsados con las heces (8).
En el suelo se convierten en larvas rabditiformes que se alimentan de bacterias y materia orgánica. Luego de dos mudas se transforman en larvas filariformes infecciosas (L3) que conservan la cutícula. 
El ciclo de vida de Ancylostoma caninum fue el primero en ser dilucidado y es el más conocido. La larva filariforme puede penetrar la piel del perro vía los folículos pilosos y luego ingresar a la circulación sanguínea o a los capilares linfáticos. El parásito es llevado pasivamente a la microcirculación pulmonar. Aquí puede seguir la ruta clásica de migración traqueal, donde la larva L3 penetra en los alvéolos, sube con la mucosidad a las vías áreas superiores, atraviesa la tráquea y luego ingresa al sistema digestivo. Durante el trayecto las larvas pasan de L3 a L4 y finalmente a L5. Los adultos se anclan a las vellosidades del intestino y comienzan a alimentarse.

Alternativamente las larvas pueden dispersarse por la circulación a los tejidos (migración somática) y depositarse en las fibras del musculo esquelético como larvas L3 durmientes (larvas hipobióticas) (9). Las larvas durmientes L3 de A. caninum pueden activarse por cambios hormonales luego del parto, emerger de los tejidos reservorios, entrar en la circulación materna y a través de la glándula mamaria infectar a los cachorros.

Los mineros de San Gotardo trabajaban en condiciones penosas: muchas veces el agua les llegaba a las rodillas debido a las filtraciones, la temperatura dentro del túnel era de más de 30°C y sus propios excrementos se acumularon durante la duración de la obra, a lo largo de 15 km! (10): condiciones más que óptimas para el crecimiento de las larvas!


Ancylostoma duodenale y Necator americanus producen la anquilostomiasis, que se ubica dentro del grupo de las helmintiasis transmitidas por el suelo. Las helmintiasis afectan a más de 2000 millones de personas en todo el mundo. Se estima que Ascaris lumbricoides infecta a 1221 millones, Trichuris trichiura a 795 millones y los anquilostomas a 740 millones de personas (11).

Ancylostoma caninum - Ciclo de Vida


Ancylostoma duodenale y Necator americanus - Ciclo de Vida



Una fotografía de la boca de Ancylostoma duodenale, tomada por David Scharf, utilizando un microscopio electrónico de barrido o SEM (Scanning Electron Microscope) puede verse AQUÍ!


El Paso de San Gotardo hoy !



Autor:  Cooper.ch 18:01, 19 September 2006 (UTC)
http://en.wikipedia.org/wiki/File:GBT_MFS_Faido_TV-WS.jpg
Actualmente se construye un nuevo túnel ferroviario en San Gotardo con una longitud de 57 km y un total de 151,84 km de túneles y galerías, será el túnel ferroviario más largo del mundo. La perforación concluyó el 15 de octubre de 2010 y se espera concluirlo en el 2017 (12).








Bibliografía
1- “Paso de San Gotardo”. Articulo de Wikipedia. Ver!
2- "Devil's Bridge, Mt St Gothard” Joseph Mallord William Turner. Tate Gallery. Ver!
3- “Germinal” Emile Zola en 1885. Puede leerse en la Biblioteca Digital del Ministerio de Educación y Cultura de la República de Uruguay. Ver!
4- “Dal San Gottardo al Sempione, la malattia dei minatori del San Gottardo e la nascita della medicina del lavoro”. Peduzzi R. Health Strategy – Network in Scientific and HealthcareCommunication. Ver!
5- “La malattia dei minatori, dal S. Gottardo al Sempione, una questione risolta”. Edoardo Bellarmino Perroncito, 1909. El libro puede consultarse una versión digital de la colección de la Universidad de California. Ver!
6- “Nuovo verme intestinale umano (Anchylostoma duodenale), cinstituente un sesto genere di nematoidei proprii dell’uomo”. Angelo Dubini.  Annali universali di medicina, Milano, 1843, 106: 4-13.
7- “Human hookworm infection in the 21st century”. Brooker S, Bethony J, Hotez PJ.Adv Parasitol. 2004;58:197-288. Review. Ver!
8- “Human Parasitology”. Burton J. Bogitsh, Clint E. Carter, Thomas N. Oeltmann. Academic Press, 2012. Ver!
9 -“Immune Responses in Hookworm Infections”. Loukas A, Prociv P. Clin Microbiol Rev. 2001 October; 14(4): 689–703. Ver!
10- “Il parassita che terrorizzò i minatori del San Gottardo”. Alfano Antonio. Corriere della Sera, 26 Febrero 2012, pág. 64. Ver!
11- “Prevalence and intensity of infection of Soil-transmitted Helminths in Latin America and the Caribbean Countries:Mapping at second administrative level 2000-2010” Washington, D.C.: PAHO. Ver!
12- "Túnel de base de San Gotardo". Artículo de Wikipedia. Ver!

Para saber más sobre el tema existen dos libros de la Organización Mundial de la Salud, en español y de libre descarga, sobre Helmintos Transmitidos por el Suelo:

"Helmintos Transmitidos por el Suelo". Serie de Informes Técnicos N°277, 1964. Organización Mundial de la Salud. Ver!
"Infecciones Intestinal por Protozoos y Helmintos". Serie de Informes Técnicos N°666, 1981. Organización Mundial de la Salud. Ver!